คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ถือกำเนิดขึ้นในมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ จากพระราชปรารภในพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล พระอัฐมรามาธิบดินทร ด้วยมีพระราชประสงค์ให้มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ (มหาวิทยาลัยมหิดลในปัจจุบัน) ผลิตแพทย์เพิ่มมากขึ้นให้เพียงพอที่จะช่วยเหลือประชาชน เนื่องจากในขณะนั้นคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ เป็นสถานที่ฝึกอบรมแพทย์เพียงแห่งเดียวของประเทศ มีทรัพยากรและสถานที่จำกัด ไม่สามารถรองรับการผลิตแพทย์เพิ่มขึ้นได้อีก จึงจำเป็นต้องหาสถานที่แห่งใหม่เพื่อรองรับการผลิตแพทย์เพิ่มอย่างมีคุณภาพ โดยที่โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ของสภากาชาดไทย มีความพร้อมทั้งในด้านสถานที่และอุปกรณ์ ด้วยเคยใช้เป็นโรงเรียนแพทย์ทหารบกมาก่อน สามารถพัฒนาให้เป็นโรงเรียนแพทย์แห่งที่สองของประเทศต่อไปได้
เพื่อสนองพระราชปรารภดังกล่าว ผู้อำนวยการมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ในขณะนั้น (ศาสตราจารย์ นพ.เฉลิม พรมมาส) จึงได้ติดต่อประสานงานจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์แห่งใหม่ผ่านทางผู้อำนวยการ กองบรรเทาทุกข์และอนามัย สภากาชาดไทย (ศาสตราจารย์อุปการคุณ พลตรี พระยาดำรงแพทยาคุณ) โดยขอใช้โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย เป็นสถานที่จัดการเรียนการสอน คณะแพทยศาสตร์แห่งใหม่จึงก่อกำเนิดขึ้นในนาม “คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์” และสามารถเปิดการเรียนการสอนได้ภายใน 9 เดือนเศษนับจากวันที่ได้เริ่มมีการติดต่อครั้งแรก โดยมีพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการกรมมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ในกระทรวงสาธารณสุข (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2490 ลงวันที่ 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2490 มีผลบังคับใช้วันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ. 2490 ให้แบ่งส่วนราชการคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ออกเป็น 10 แผนก ได้แก่ แผนกอำนวยการ แผนกกายวิภาคศาสตร์ แผนกสรีระวิทยา แผนกพยาธิวิทยา แผนกอายุรศาสตร์ แผนกศัลยศาสตร์ แผนกสูติ-นรีเวชวิทยา แผนกรังสีวิทยา แผนกกุมารเวชศาสตร์ และแผนกจักษุวิทยาและวิทยาโสตนาสิกลาริงซ์ ภายหลังได้โอนมาสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2510 ปัจจุบันแบ่งส่วนงานออกเป็น 21 ภาควิชาและสำนักงานเลขานุการคณะ โดยในแต่ละภาควิชาของคณะแพทยศาสตร์มีฐานะเป็นแผนกหนึ่งของโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ นอกจากนี้คณาจารย์ของคณะแพทยศาสตร์ยังปฏิบัติหน้าที่เป็นแพทย์ประจำในโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ด้วย
“วิชาการก้าวหน้า แพทย์จุฬาฯก้าวไกล คุณธรรมคือหัวใจ คู่กาชาดไทยสู่สากล”
“คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นสถาบันต้นแบบทางการแพทย์ที่มีคุณธรรมและสร้างมาตรฐานระดับนานาชาติ”
“ผลิตบัณฑิตและแพทย์เฉพาะทางที่มีคุณภาพ กอปรด้วยคุณธรรม สร้างงานวิจัยที่มีคุณค่า ให้บริการทางการแพทย์และวิชาการเพื่อชี้นำสังคม เป็นแหล่งอ้างอิงทางวิชาการของชาติและนานาชาติ ประชาคมมีคุณภาพชีวิตที่ดี มีความภูมิใจในสถาบัน”
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 1 การพัฒนาเพื่อนำไปสู่การเป็นสถาบันทางการแพทย์ที่เป็นผู้นำในระดับชาติและนานาชาติ
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 2 การพัฒนาการเรียนการสอนในทุกระดับให้มีมาตรฐาน มีการบูรณาการกับการดูแลผู้ป่วยอย่างมีคุณภาพ
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 3 พัฒนาเพื่อประสิทธิภาพในการดำเนินงานขององค์กร เพื่อความยั่งยืนขององค์กร
ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 4 เพื่อการสร้างความสุขให้แก่คนในองค์กร รวมถึงสร้างการมีส่วนร่วมความผูกพัน
M Morality (ธำรงไว้ซึ่งคุณธรรม จริยธรรม)
E Excellence (Education, Staff, Quality, Research) (องค์กรให้เป็นเลิศ)
D Dignity (ความภาคภูมิใจในองค์กร)
I Innovation (องค์กรแห่งนวัตกรรมการเรียนรู้และสร้างองค์ความรู้)
S Social Responsibility (ความรับผิดชอบต่อสังคมและสิ่งแวดล้อม)
C Continuous Improvement (การพัฒนาอย่างต่อเนื่อง)
U Unity (การทำงานร่วมกันเป็นทีม)
+ Adaptability to change (พร้อมที่จะรับการเปลี่ยนแปลง)